Μετά το 1669 και την επικράτηση της Οθωμανικής κυριαρχίας στην Κρήτη, τα Σκουλούφια, όπως και ολόκληρη η Κρήτη, βίωσαν μια περίοδο έντονων αλλαγών και δοκιμασιών.
Η τοπική κοινωνία διατήρησε την ταυτότητά της μέσα από την πίστη, τις παραδόσεις και τη συλλογικότητα. Τα ξωκλήσια και τα σπήλαια στην περιοχή της Μεγάλης Βρύσης Σκουλουφίων, αποτέλεσαν πυρήνες προστασίας, ενώ οι κάτοικοι συμμετείχαν ενεργά στους αγώνες για ελευθερία.
