Η σημερινή ονομασία των Σκουλουφίων, απαντάται για πρώτη φορά το 1842, στο έργο «Κρητικά» του Μιχαήλ Χουρμούζη. Η καταγραφή αυτή σηματοδοτεί την καθιέρωση του τοπωνυμίου στη νεότερη γραμματεία και αποτελεί το πρώτο σαφές τεκμήριο της σύγχρονης ονομασίας του χωριού. Ωστόσο, η ονομασία του οικισμού, εμφανίζεται ήδη σε προγενέστερες πηγές με διαφορετικές γραφές, γεγονός που μαρτυρά τη μακραίωνη ιστορική παρουσία του. Στις ενετικές απογραφές των ερευνητών Francesco Barozzi, Pietro Castrofilaca και Francesco Basilicata μεταξύ 1577 - 1630, το χωριό αναφέρεται ως Spilufia ή Σπιλούφια.
Ο Στυλιανός Σταυρινίδης, Κρητικός ιστορικός και ερευνητής του 20ού αιώνα, γνωστός κυρίως για τη μελέτη και δημοσίευση οθωμανικών εγγράφων που αφορούν την ιστορία της Κρήτης, ταυτίζει το χωριό με τον οικισμό Iskoliye, ο οποίος αναφέρεται στην οθωμανική απογραφή του 1659. Οι διαφορετικές αυτές αποδόσεις της ονομασίας αντανακλούν τις γλωσσικές επιρροές και τις διοικητικές μεταβολές που γνώρισε η Κρήτη κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας και της Οθωμανικής κυριαρχίας. Σε νεότερες αναφορές, το χωριό καταγράφεται από αρχαιολόγους ως «Σπηλιούρια», γεγονός που οδήγησε αρκετούς ερευνητές στην υπόθεση, ότι το τοπωνύμιο σχετίζεται με τα πολυάριθμα σπήλαια της ευρύτερης περιοχής. Η εκδοχή αυτή, αποτελεί άλλη μία από τις ετυμολογικές προσεγγίσεις που έχουν διατυπωθεί.
Ως απόσταγμα της ιστορικής και ετυμολογικής αναζήτησης, αξίζει να αναφερθεί ότι οι ρίζες της ονομασίας του χωριού μας φαίνεται να εκτείνονται βαθιά στην αρχαιότητα. Στην περιοχή Ομάνα, τα Σκουλούφια φιλοξενούν ένα από τα λιγότερο γνωστά Ασκληπιεία της Κρήτης, στοιχείο που συνδέει τον τόπο με μια μακραίωνη πολιτιστική και θεραπευτική παράδοση.
Το εύγλωττο τοπωνύμιο «Σκουλούφια» εικάζεται ότι προέρχεται μέσα από τη γλωσσική εξέλιξη της ονομασίας Aesculapia → Sculapia → Skouloufia, εκδοχή που συνδέει άμεσα το χωριό με την αρχαία λατρεία του Ασκληπιού.
Δεν θεωρείται τυχαία η άμεση γειτνίαση του χωριού με τον αρχαιολογικό χώρο της Αρχαίας Ελεύθερνας, της οποίας πολιούχος ήταν ο θεραπευτής Απόλλων, πατέρας του Ασκληπιού. Συχνά, άλλωστε, η αρχαιολογική έρευνα φέρνει στο φως, δίπλα σε ιερά του Απόλλωνα, χώρους αφιερωμένους στον Ασκληπιό, μια συνύπαρξη που μαρτυρεί τη βαθιά λατρευτική και θεραπευτική τους σχέση.
Δεν είναι επίσης τυχαίο ότι πολιούχος του χωριού μας είναι ο Σωτήρας Χριστός. «Σωτήρ» υπήρξε προσωνύμιο και του Ασκληπιού, υποδηλώνοντας τον θεραπευτή και λυτρωτή του ανθρώπινου πόνου.
Έτσι, μέσα από τη διαδοχή των αιώνων, το όνομα των Σκουλουφίων μοιάζει να διαφυλάσσει μια μνήμη θεραπείας, πίστης και συνέχειας· έναν ζωντανό σύνδεσμο ανάμεσα στην αρχαιότερη κληρονομιά και τη νεότερη ιστορία του τόπου μας.
